ക്ഷേത്രങ്ങളിലെ മാണിക്യ സ്ഥാനമാണ് കൂടൽമാണിക്യത്തിന്. ഗംഗയും യമുനയും സരസ്വതിയും കൂടിച്ചേർന്നുണ്ടായ കൂടലാണ് തീർത്ഥാടകർക്കു കൂടൽമാണിക്യം. ചേരമൺ പെരുമാളിന്റെ കാലം മുതലുള്ള ചരിത്രം പറയാനുണ്ട് ഈ മഹാക്ഷേത്രത്തിന്. നാലമ്പല ക്ഷേത്ര ദർശനത്തിൽ പ്രമുഖ സ്ഥാനമാണ് കൂടൽമാണിക്യ ക്ഷേത്രത്തിന്. തൃപ്രയാറപ്പനെ വണങ്ങിയ ശേഷം ഭക്തർ രണ്ടാമതായി എത്തുന്ന ക്ഷേത്രമാണിത്. തൃശൂരില്നിന്ന് ഇരുപത്തൊന്നു കി.മീ തെക്ക് കൊടുങ്ങല്ലൂര് റൂട്ടില് ഇരിങ്ങാലക്കുട നഗരം കേന്ദ്രമായി കൂടല്മാണിക്യം ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്നു. ഗ്രാമ ക്ഷേത്രമായാണ് ഇവിടം കരുതപ്പെടുന്നത്. ടിപ്പുവിന്റെ പടയോട്ടക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രം അഗ്നിക്കിരയായി. അതിനുശേഷം വീണ്ടും നിര്മിച്ചതാണ് ഇന്നു കാണുന്ന ക്ഷേത്രം. വിഗ്രഹത്തിനും ശ്രീകോവിലിനും കാര്യമായ കേടൊന്നും അന്ന് പറ്റിയിട്ടില്ലെന്ന് പഴമക്കാര് പറയുന്നു.
മഹാവിഷ്ണുവിന്റെ അംശാവതാരവും ശ്രീരാമന്റെ സഹോദരനുമായ ഭരതനാണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രതിഷ്ഠ. ഭരതന്റെ പ്രതിഷ്ഠ മറ്റ് എവിടേയും ഉള്ളതായിട്ടറിവില്ല. അംശാവതാരമായതുകൊണ്ടാവാം മഹാവിഷ്ണുവിന്റേതാണ് പൂജ. ക്ഷേത്രത്തില് ഉപക്ഷേത്രങ്ങള് ഇല്ല. സംഗമേശ്വരനാണ് കൂടൽമാണിക്യത്ത്. സംഗമം തന്നെയാണ് കൂടൽ. അതു ഗംഗയും യമുനയും സരസ്വതിയും ചേർന്നതാണെന്ന് ഒരു കഥ. ബുദ്ധിസവും ജൈനിസവും ചേർന്ന കൂടലാണെന്ന് മറ്റൊരു കഥ. ചരിത്രത്തിൽ ഒൻപതാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ചേരമൺ പെരുമാൾ കാലത്തുതന്നെ ആരംഭിക്കുന്നുണ്ട് ക്ഷേത്രചരിത്രം.മാണിക്യം’ എന്ന വിശേഷണം ജൈനരില് നിന്നോ ശിവനില് നിന്നോ വന്നതാവണം എന്നാണ് കരുതപ്പെടുന്നത്. കൂടല് എന്നത് പണ്ട് രണ്ടു നദികള് സംഗമിച്ചിരുന്ന ഇടമായതിനാല് ആകാം എന്നും കരുതപ്പെടുന്നു. ഇങ്ങനെയാണ് കൂടല്മാണിക്യം എന്ന പേര് ലഭിച്ചതെന്നാണ് വിശ്വാസം.
ത്യാഗത്തിന്റെയും സ്നേഹത്തിന്റെയും പ്രതീകമാണ് ഭരതൻ. വനവാസത്തിന് കാട്ടിലേക്ക് പോയ ശ്രീരാമന്റെ പാദുകങ്ങൾ ഭജിച്ച് തപസ് അനുഷ്ഠിക്കുന്ന ഭാവത്തിലാണ് ഇവിടെ ഭരതസ്വാമി. ഒരാൾ പൊക്കമുള്ള വിഗ്രഹം ചതുർബാഹുവാണ്. കോദണ്ഡവും അഭയമുദ്രയും ചക്രവും ശംഖും ധരിച്ചിരിക്കുന്നു. കൂത്തമ്പലത്തിനും വിശാലമായ കുളത്തിനും പറഞ്ഞാൽത്തീരാത്തത്ര കഥകളുണ്ട്. ദ്വാരക സമുദ്രത്തില് മുങ്ങിതാണുപോയപ്പോള് ശ്രീകൃഷ്ണ ആരാധന ഏറ്റുവാങ്ങിയിരുന്ന ശ്രീരാമ, ഭരത, ലക്ഷ്മണ, ശത്രുഘ്ന വിഗ്രഹങ്ങള് സമുദ്രത്തില് ഒഴുകിനടക്കുവാൻ തുടങ്ങി. ഇതിനെക്കുറിച്ച് പൊന്നാനി താലൂക്കിലെ നാട്ടുപ്രമാണിമാരായ വാക്കയിൽ കൈമൾക്ക് സ്വപ്നദര്ശനമുണ്ടായി. പിറ്റേദിവസം സമുദ്ര തീരത്തുനിന്നും മുക്കുവൻമാർ വഴി ഈ വിഗ്രഹങ്ങൾ കൈമളുടെ അധീനതയിൽ ലഭിച്ചു. ശേഷം അദ്ദേഹം ജോതിഷികളുമായി ആലോചിച്ച് തീവ്രാനദിക്കരയിൽ ശ്രീരാമക്ഷേത്രവും കുലീപിനി തീർത്ഥകരയിൽ ഭരതക്ഷേത്രവും (ശ്രീ കൂടൽമാണിക്യസ്വാമി ക്ഷേത്രം, പൂർണ്ണാ നദിക്കരയിൽ ലക്ഷ്മണക്ഷേത്രവും ഭരതക്ഷേത്രത്തിന് സമീപമായി ശത്രുഘ്നക്ഷേത്രവും നിർമ്മിച്ചുവെന്നാണ് വിശ്വാസം.
സഹസ്രാബ്ദങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് ഇരിങ്ങാലക്കുട ഗ്രാമം പ്രകൃതിക്ഷോഭത്തിന്റെ കേന്ദ്രമായിരുന്നുവെന്നും ആ കാലഘട്ടത്തിൽ കുലിപനി മഹർഷി കുറേക്കാലം ഇവിടെ വസിച്ച് യാഗാദികർമ്മങ്ങൾ നിർവഹിച്ചുവെന്നും ആ യാഗം ഈ പ്രദേശത്തെ ധന്യമാക്കിയെന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്. അന്ന് ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന ഹോമകുണ്ഠങ്ങളിൽ ഒന്നാണ് കുലിപനി തീർത്ഥങ്ങളിൽ ഇന്നും കാണുന്നതെന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്. ക്ഷേത്രത്തിൽ തെച്ചി, തുളസി മുതലായ പൂജാപുഷ്പങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നുവെങ്കിലും തെച്ചിയും തുളസിയും ക്ഷേത്രത്തിൽ വളരുന്നില്ല. ക്ഷേത്രത്തിലെ തീർത്ഥത്തിൽ മത്സ്യങ്ങൾ ഒഴികെ മറ്റ് ജലജന്തുക്കൾ സാധാരണമല്ല. പൂജയ്ക്കായി ചന്ദനത്തിരി, കർപ്പൂരം മുതലായവ ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല.രാജശാസനകൾ കൊത്തിവയ്ക്കാൻ ഈ ക്ഷേത്രം തിരഞ്ഞെടുത്തിരുന്നുവെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്.
എട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിലേയും പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിലേയും ഓരോ ശിലാശാസനകൾ ഈ ക്ഷേത്രത്തിൽ ഇന്നും കാണാം. ഇത് രണ്ടും ശ്രീകോവിലിന്റെ വടക്ക് വശത്ത് അകത്തെ പ്രദക്ഷിണവഴിയിൽ കിടന്നിരുന്നു. ഭക്തന്മാർ ചവിട്ടി നടന്നതിനാൽ ചില അക്ഷരങ്ങൾക്ക് തേയ്മാനം വന്നതുകൊണ്ട് ഇരുപത് കൊല്ലത്തിനു മുമ്പ് പടിഞ്ഞാറേ ചുമരിൽ ഉറപ്പിച്ച് സുരക്ഷിതമാക്കി. ഇവിടത്തെ പ്രത്യേകതകളില് ഒന്നാണ് ഉദരരോഗനിവാരണത്തിനായി വഴുതനങ്ങ നിവേദ്യം കഴിക്കുന്നത്. ശ്വാസസംബന്ധമായ രോഗനിവാരണത്തിനായി ക്ഷേത്ര തീർത്ഥത്തിൽ മീനൂട്ട് എന്ന വഴിപാടു നടത്തുന്നത് ശ്രേഷഠമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നുണ്ട്. ക്ഷേത്രത്തിൽ നടത്തുന്ന പുത്തരി നിവേദ്യത്തിന്റെ അനുബന്ധമായി നടത്തുന്ന മുക്കുടിനിവേദ്യം സേവിച്ചാൽ ഒരു വർഷത്തേക്ക് രോഗവിമുക്തരാകുമെന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്.