പാളയം മഹാഗണപതി ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പുനരുദ്ധാരണത്തോടനുബന്ധിച്ച് അലങ്കാരമണ്ഡപം സമര്‍പ്പിച്ചതോടെ തലസ്ഥാന നഗരത്തിലെ പാളയം, മതമൈത്രിയുടെ കേന്ദ്രബിന്ദുവായി മാറി. 50 അടി നീളവും 20 അടി വീതിയിലും 50 അടി ഉയരത്തിലുമാണ് ഗോപുരം. 18 അടി പൊക്കത്തിലുള്ള ഗണപതി വിഗ്രഹമാണ് ഗോപുരത്തിലെ പ്രധാന ആകര്‍ഷണം. ഇതുവരെ പാളയം ജുമാമസ്ദ്ജിദിന്റെ മിനാരങ്ങളും, പാളയം ക്രിസ്ത്യന്‍ പള്ളിയുടെ മുടവുമാണ് ഉയര്‍ന്നു നിന്നിരുന്നത്. ഇനി ഗണപതി ക്ഷേത്രത്തിന്റെ അലങ്കാര ഗോപുരവും ഇതിനൊപ്പം തലയുയര്‍ത്തി നില്‍ക്കും. പാളയം ജുമാമ്ദിജിദിനടു ചേര്‍ന്നാണ് ഗണപതി ക്ഷേത്രം.
കേരളത്തിന്റെ മതസൗഹാര്‍ദ്ദത്തിന്റെ മാതൃകയായി ഉയര്‍ത്തിക്കാട്ടുന്ന സ്ഥലത്തെ മൂന്ന് ആരാധനാലയങ്ങളും തലസ്ഥാന വാസികളുടെ സ്വകാര്യ അഹങ്കാരം തന്നെയാണ്. അടുപ്പുകല്ലുപോലെ അടുത്തടുത്ത് നില്‍ക്കുന്ന പാളയത്തെ ഗണപതി ക്ഷേത്രം, ജുമാ മസ്ജിദ്, സെന്റ് ജോസഫ്സ് ചര്‍ച്ച് എന്നിവ മതസൗഹാര്‍ദ്ദത്തിന്റെ മാതൃക എന്നതില്‍ ആര്‍ക്കും സംശയമില്ല. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ മാര്‍ത്താണ്ഡ വര്‍മ്മയുടെ കാലശേഷം കാര്‍ത്തിക തിരുനാള്‍ രാമവര്‍മ്മ മഹാരാജാവായി സ്ഥാനമേറ്റപ്പോള്‍ പദ്മനാഭപുരത്തു നിന്നും തിരുവനന്തപുരത്തെക്ക് തലസ്ഥാനം മാറ്റി.
അക്കാലത്ത് ട്രാവന്‍കൂര്‍ നായര്‍ ബ്രിഗേഡിയനില്‍ പെട്ട പട്ടാളക്കാരും കുതിരപ്പട്ടാളക്കാരും തങ്ങള്‍ ആരാധിച്ചിരുന്ന രണ്ടു ഗണപതി വിഗ്രഹങ്ങളും ഒരു ഹനുമാന്‍ വിഗ്രഹവും കൂടെ കൊണ്ടു വന്നു. അതില്‍ ഒന്നാണ് ഇന്നത്തെ പഴവങ്ങാടി ക്ഷേത്രത്തില്‍ ഉള്ള വിഗ്രഹം. രണ്ടാമത്തേത് പട്ടാളക്കാര്‍ തമ്പടിച്ച പാളയത്തും പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. ഹനുമാന്‍ വിഗ്രഹം ഇന്നത്തെ നിയമസഭാ മന്ദിരത്തിന്റ അടുത്തും പ്രതിഷ്ഠിച്ചു.പില്‍ക്കാലത്ത് തിരുവിതാംകൂര്‍ സേനയില്‍ ധാരാളം ഇസ്ലാം മതസ്ഥരും ക്രിസ്തുമത വിശ്വാസികളും അണിനിരന്നു,1814ല്‍ സ്വാതി തിരുനാള്‍ മഹാരാജാവ് നാട് ഭരിച്ചിരുന്ന കാലത്താണ് ആദ്യമായി പള്ളി പാളയത്ത് ഉയരുന്നത് , ‘പട്ടാള പള്ളി’ എന്നറിയപ്പെട്ടിരുന്ന ആ പള്ളിയാണ് ഇന്നത്തെ പാളയം ജുമാ മസ്ജിദ്.
ആയില്യം തിരുനാള്‍ മഹാരാജാവിന്റെ കാലത്താണ് തൊട്ടടുത്ത് തന്നെ ക്രിസ്ത്യന്‍ പള്ളി പണിതത്. അതാണ് ഇന്ന് കാണുന്ന സെന്റ് ജോസഫ്സ് പള്ളി. അങ്ങനെ സകല മതത്തില്‍പ്പെട്ട സൈനികര്‍ക്കും ആരാധിക്കാന്‍ നിര്‍മ്മിച്ച ദേവാലയങ്ങളാണ് തോളോട് തോള്‍ ചേര്‍ന്ന് നില്‍ക്കുന്നത്. പള്ളിയും മോസ്‌ക്കും കാലത്തിനനുസരിച്ച് നവീകരിച്ച് പ്രൗഢി കൂട്ടിയപ്പോള്‍ അമ്പലം പഴയപടി നിന്നു. പള്ളിയും മോസ്‌ക്കും മാര്‍ബിളിലും വെള്ളക്കല്ലിലും നവീകരിക്കപ്പെട്ടു. അമ്പലം ശ്രദ്ധയില്‍പ്പെടാത്ത ചെറിയൊരു ഓടിട്ട കെട്ടിടമായി നിന്നു. ഒരേക്കറോളം ഭൂമി ക്ഷേത്രത്തിനുണ്ടായിരുന്നു. എന്നാലിപ്പോള്‍ 7 സെന്റ് ഭൂമി മാത്രമായി ചുരുങ്ങി.
പാളയം മസ്ജിദിന്റെ ചരിത്രം ആരംഭിക്കുന്നത് എഡി 1813ല്‍ ബ്രിട്ടീഷ് ഇന്ത്യന്‍ സെക്കന്‍ഡ് റെജിമെന്റ് നിലയുറപ്പിച്ചിരുന്ന കാലത്താണ്. പിന്നീട് ഈദ് നമസ്‌കാരങ്ങള്‍ക്കായി തുറന്നസ്ഥലമുള്ള ഒരു ചെറിയ പള്ളിയായി (പട്ടാലപ്പള്ളി) ഇത് നിര്‍മ്മിക്കപ്പെട്ടു. 1824ല്‍ ആറാമത്തെ റെജിമെന്റ് ഇവിടെ നിയമിക്കപ്പെട്ടപ്പോള്‍ അതിന്റെ ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ സ്ഥലം വാങ്ങി ഖാസിയായ ലബ്ബ കുടുംബത്തെ നിയമിച്ചു. അത് ഷെയ്ഖ് മന്‍സൂര്‍ ലബ്ബയില്‍ അവസാനിക്കുകയും പള്ളിയുടെ രേഖകള്‍ മുഅസ്സിനെ ഏല്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. 1848ല്‍ പതിനാറാം റെജിമെന്റ് ഇവിടെ വന്നപ്പോള്‍, അതിലെ ജമാദാര്‍മാരും ഹവില്‍ദാര്‍മാരും പള്ളിയുടെ കവാടത്തിന്റെ നിര്‍മ്മാണവും മസ്ജിദ് കെട്ടിടത്തിന്റെ അറ്റകുറ്റപ്പണികള്‍ക്കും പരിപാലനത്തിനുമുള്ള ക്രമീകരണങ്ങള്‍ ഉള്‍പ്പെടെ കാര്യമായ മെച്ചപ്പെടുത്തലുകള്‍ നടത്തി.
മറ്റ് റെജിമെന്റുകള്‍ ഇവിടെ നിലയുറപ്പിച്ചപ്പോള്‍, അതിന്റെ ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ കൂടുതല്‍ മാറ്റങ്ങളും മെച്ചപ്പെടുത്തലുകളും കൊണ്ടുവന്നു. അങ്ങനെ 200 വര്‍ഷത്തോളം പഴക്കമുണ്ട് ഈ പള്ളിക്ക്. പിന്നീട്, 1960കളില്‍, തിരുവനന്തപുരത്തെ നിരവധി മനുഷ്യസ്നേഹികളായ വ്യവസായികളും സര്‍ക്കാര്‍ ഉദ്യോഗസ്ഥരും അതിന്റെ നവീകരണം ഏറ്റെടുത്ത് ഇന്നത്തെ പാളയം ജുമാ മസ്ജിദ് ഖാസിയുടെയും ഇമാം മൗലവിയുമായ ഷെയ്ഖ് അബുല്‍ ഹസ്സന്‍ അലി അല്‍നൂരിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ നിര്‍മ്മിച്ചു. 1967ല്‍ ഇന്ത്യന്‍ പ്രസിഡന്റ് ഡോ. സക്കീര്‍ ഹുസൈന്‍ ആണ് ജുമാ മസ്ജിദ് ഉദ്ഘാടനം ചെയ്തത്.
സ്വാതന്ത്ര്യ സമര സേനാനിയും ബഹുഭാഷാ പണ്ഡിതനും പാളയം ജുമാ മസ്ജിദിന്റെ ആദ്യ ഇമാമുമായ ഷെയ്ഖ് അബുല്‍ ഹസ്സന്‍ അലി അല്‍നൂരി (1921-2011) അടുത്ത കാലത്ത് ഇവിടെ സേവനമനുഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്. രണ്ട് ദശാബ്ദങ്ങള്‍ (1959-1979), ഇമാം ആയിരുന്ന കാലത്ത് ഒരു ‘പട്ടാളപ്പള്ളി’യില്‍ നിന്ന് ഇന്നത്തെ നിലയിലേക്ക് ഉയര്‍ത്താന്‍ സഹായിച്ചു. 18-ാം നൂറ്റാണ്ടിലെ മധുര മിഷന്‍ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ് പള്ളിയുടെ ഉത്പത്തിചരിത്രം.
തിരുനെല്‍വേലി, കൊച്ചി എന്നിവിടങ്ങളില്‍നിന്ന് കച്ചവട ആവശ്യത്തിനായി തലസ്ഥാനത്തെത്തിയവരും റെയില്‍വേ ജോലിക്കെത്തിയ ആംഗ്ലോ ഇന്ത്യക്കാരും മത്സ്യക്കച്ചവടക്കാരും കുന്നുകുഴി, പുത്തന്‍ചന്ത ഭാഗത്ത് താമസിച്ചിരുന്നു. നഗരത്തിലെ ആദ്യ റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ ദേവായലമായ പേട്ട സെയ്ന്റ് ആന്‍സ് പള്ളിയിലായിരുന്നു ഇവരെല്ലാം ആരാധനയ്ക്കു പോയിരുന്നത്. പേട്ടയിലെത്താനുള്ള അസൗകര്യം പരിഗണിച്ച് പാളയത്ത് പള്ളി വേണമെന്ന ആവശ്യമാണ് പിറവിക്കു കാരണമായത്.
1958ല്‍ ഫാ. ഫ്രാന്‍സിസ് മിറാന്റ എന്ന വിദേശ മിഷനറിയാണ് പാളയത്ത് സ്ഥലം വാങ്ങി ദേവാലയത്തിനു തുടക്കംകുറിച്ചത്. 1873 വരെ ഒരു ചെറിയ ഓലക്കെട്ടിടത്തില്‍ ആരാധന നടന്നതായി കരുതുന്നു. 1864 ഒക്ടോബര്‍ 10ന് വികാരിയായ ഫ്രാന്‍സിസ് മിറാന്റയാണ് പള്ളിക്കു തറക്കല്ലിട്ടത്. 1873ല്‍ ഫാ. എമിജിയസിന്റെ കാലത്ത് പള്ളിയുടെ നിര്‍മാണം പൂര്‍ത്തിയായി. മേയ് നാലിന് അന്നത്തെ കൊല്ലം മെത്രാന്‍ എല്‍ഡഫോണ്‍സ് ബോര്‍ഞ്ഞയായിരുന്നു പള്ളിയുടെ ആശീര്‍വാദകര്‍മം നിര്‍വഹിച്ചത്. 1912ല്‍ ദേവാലയത്തിനു തെക്കുവടക്കായി കുരിശിന്റെ ആകൃതിയില്‍ പള്ളി വിപുലീകരിച്ചു. ഗോഥിക് ശൈലിയിലുള്ള മണിമാളികയുടെ നിര്‍മാണം 1933ലാണ് പൂര്‍ത്തിയായത്.
നിര്‍മാണത്തിനായി വിശ്വാസികള്‍, വിദേശത്തുള്ള ഇടവകക്കാര്‍ എന്നിവരില്‍നിന്നും മലേഷ്യയില്‍നിന്നും പണം സ്വരൂപിച്ചിരുന്നു. പ്രധാന അള്‍ത്താരയില്‍ ഇപ്പോഴുള്ള സെയ്ന്റ് ജോസഫിന്റെ തിരുസ്വരൂപം 1921ല്‍ വിദേശത്തുനിന്നു കൊണ്ടുവന്നതാണ്. ഗോപുരത്തിനു മുകളില്‍ യേശുക്രിസ്തു കൈയുയര്‍ത്തി നില്‍ക്കുന്ന വലിയ സ്വരൂപം ഇറ്റലിയില്‍ നിന്നാണ് കൊണ്ടുവന്നത്. 1873ല്‍ 600ഓളം പേര്‍ ഇടവകാംഗങ്ങളായി ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇപ്പോള്‍ 5500ഓളം അംഗങ്ങളുണ്ട്. സെയ്ന്റ് ജോസഫ്സ് എല്‍.പി. സ്‌കൂള്‍, ഇംഗ്ലീഷ് മീഡിയം നഴ്സറി സ്‌കൂള്‍ എന്നിവ പള്ളിക്കു കീഴില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്നു. 2010 മേയ് ഒന്നിന് ഭദ്രാസന ദേവാലയം ആര്‍ച്ച് ബിഷപ്പ് സൂസപാക്യം ആശീര്‍വദിച്ച് പുനഃപ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയിരുന്നു.