കര്‍ക്കിടക വാവിനെക്കുറിച്ചും ബലി തര്‍പ്പണത്തെക്കുറിച്ചും പറയുമ്പോള്‍ മലയാളികളുടെ മനസ്സില്‍ ആദ്യമെത്തുന്ന ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നാണ് തിരുനാവായ നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്രം. പിതൃക്കളുടെ മാസമായ കര്‍ക്കിടകത്തില്‍ ഇവിടെ ക്ഷേത്രത്തിലെത്തി ബലി തര്‍പ്പണം ന‌ടത്തിയാല്‍ അവര്‍ക്ക് മോക്ഷം ലഭിക്കുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. മലപ്പുറം ജില്ലയിൽ ഭാരതപ്പുഴയുടെ തീരത്തുള്ള പുരാതന ക്ഷേത്രമാണ് തിരുനാവായ നാവാമുകുന്ദ ക്ഷേത്രം. മഹാവിഷ്ണുവാണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന പ്രതിഷ്ഠ, നാവാമുകുന്ദൻ എന്നപേരിൽ ഈ ക്ഷേത്രേശൻ അറിയപ്പെടുന്നു . നവയോഗികൾ എന്നറിയപ്പെടുന്ന സഹോദരന്മാരായ ഒമ്പത് സന്ന്യാസിവര്യന്മാരാണ് ക്ഷേത്ര പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത് എന്നാണ് വിശ്വാസം. കോഴിക്കോട് സാമൂതിരി രാജകുടുംബത്തിന്റെ ഉടമസ്ഥയിലാണ് ഇന്നും തിരുനാവായ ക്ഷേത്രം. ഭാരതത്തിലെ 108 ദിവ്യദേശങ്ങളിൽ കേരളത്തിലുള്ള 13 ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നാണീ ക്ഷേത്രം. വൈഷ്ണവ വിശ്വാസപ്രകാരം ഇവിടുത്തെ പ്രധാന മഹാവിഷ്ണു പ്രതിഷ്ഠ ശ്രീ നാവായ് മുകുന്ദ പെരുമാളായി കുടികൊള്ളുന്നു.
നവയോഗികളായ കവി, ഹരി, അംബരീഷൻ, പ്രബുദ്ധൻ, പിപ്പലായനൻ, ആവിർഭൂത്രൻ, ഭൂമിളൻ, ചമസ്സൻ, കരഭാജൻ എന്നിവരുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഐതിഹ്യം പറയുന്നത്. നവയോഗികളായ ഇവര്‍ ഇവര്‍ തങ്ങളുടെ കൈവശമുണ്ടായിരുന് വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയെങ്കിലും കൃത്യമായ നിര്‍ദ്ദേശങ്ങള്‍ പാലിക്കുവാന്‍ സാധിക്കാതെ വന്നതിനാല്‍ അവയെല്ലാം ഭൂമിക്കടയില്‍ അപ്രത്യക്ഷമായി. ഇത് തിരിച്ചറിഞ്ഞ ഇളയവനായ കരഭാജൻ കൃത്യമായ ചിട്ടകള്‍ പാലിച്ച് പ്രതിഷ്ഠ നടത്തി. അതാണ് ഇവിടെ ഇന്നു കാണുന്ന വിഗ്രഹം എന്നാണ് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്. ഒൻപതാമത്തെ തവണ പാൽപായസം തരാമെന്ന വ്യവസ്ഥയിലാണ് പ്രതിഷ്ഠ ഉറച്ചതെന്നും ഐതിഹ്യം പറയുന്നു. നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്രത്തിനടിയിൽ നിരവധി വിഗ്രഹങ്ങളുണ്ടെന്ന് വിശ്വാസമുള്ളതിനാൽ വിഗ്രഹത്തിന് മുകളില്‍ ചവിട്ടാതെ ഇരിക്കുവാനായി ആളുകള്‍ നടന്നുകയറുന്നതിനു പകരം മുട്ടുകുത്തിയാണ് ഇവിടെ ദര്‍ശനം നടത്തിയിരുന്നതത്രെ. ഇപ്പോള്‍ സാധാരണ ക്ഷേത്രങ്ങളിലേതു പോലെ തന്നെ നടന്നാണ് ദര്‍ശനം നടത്തുന്നത്.
ആദ്യം പ്രതിഷ്ഠിച്ച എട്ടു വിഗ്രഹങ്ങൾ എവിടെയൊക്കെയാണെന്നറിയാത്തതിനാൽ ആഴ്‌വാഞ്ചേരി തമ്പ്രാക്കളും തിരുനാവായ വാദ്ധ്യാനും മുട്ടുകുത്തിയാണ് പ്രദക്ഷിണം വച്ചിരുന്നതും തൊഴുതിരുന്നതുംതിരുനാവായയില്‍ ദര്‍ശനം നടത്തുന്നത് കാശിയില്‍ ദര്‍ശനം നടത്തുന്നതിന് തുല്യമാണെന്നാണ് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്. കാരണം വിഷ്ണുവിനൊപ്പം ശിവനെയും ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നതിനാലാണ് ഇവിടെ ദര്‍ശനം ന‌ടത്തിയാല്‍ കാശിയില്‍ പോകുന്നതിന് തുല്യമാണെന്ന് പറയുന്നത്. ക്ഷേത്രത്തിലെ നാവാമുകുന്ദ പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് ഏറെ പ്രത്യേകതകള്‍ ഉണ്ടെന്നാണ് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്. അക്കാലത്ത് അത്യപൂര്‍വ്വമായ ഒരു ശിലയിലാണ് ഇത് നിര്‍മ്മിച്ചതെങ്കിലും കാലക്രമേണ അത് പഞ്ചലോഹത്തില്‍ പൊതിയുകയായിരുന്നു. ചതുർബാഹുവായ ഭഗവാൻറെ നില്‍ക്കുന്ന രൂപത്തിന് നാലടിയോളം ഉയരമുണ്ട്. ശംഖചക്രഗദാപദ്മങ്ങൾ ധരിച്ചിട്ടുള്ള വിഗ്രഹമാണിത്.
വിഷ്ണുവിനെ പിതാവായും ലക്ഷ്മീദേവിയെ മാതാവായും ഗജേന്ദ്രനെ മകനായുമാണ് ഇവിടെ കരുതുന്നത്. മഹാവിഷ്ണുവിന്റെ വാമഭാഗത്താണ് ലക്ഷ്മി ദേവിയുടെ പ്രതിഷ്ഠയുള്ളത്. ഇവിടുത്തെ പോലെ പ്രതിഷ്ഠയുള്ള ക്ഷേത്രങ്ങള്‍ വിരളമാണ് എന്നാണ് വിശ്വാസം .ബലിതര്‍പ്പണവും ശ്രാദ്ധവും തിരുനാവായയില്‍ എന്നും പ്രസിദ്ധമാണ്. ഇവിടെഎത്തി ബലി അര്‍പ്പിച്ചാല്‍ ആത്മാക്കള്‍ക്ക് മോക്ഷം ലഭിക്കുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. സാധാരണയായി തിരുനാവായിലെ ത്രിമൂർത്തിസംഗമസ്ഥാനത്താണ് പിതൃതര്‍പ്പണം നടത്തുക. ആണ്ടു ശ്രാദ്ധം മുതല്‍ ക്ഷേത്രപിണ്ഡം, വാവുബലി വരെയുള്ള വ്യത്യസ്തമായ ബലി തര്‍പ്പണങ്ങള്‍ ഇവിടെ നടക്കാറുണ്ട്. ദിവസേന ബലിതര്‍പ്പണം നടത്തുന്ന ക്ഷേത്രം എന്ന പ്രത്യേകതയും ഈ ക്ഷേത്രത്തിനുണ്ട്. പരശുരാമനുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ് ഇതുള്ളത്. 21ക്ഷത്രിയരെ നിഗ്രഹിച്ച പരശുരാമന്‍ തന്റെ പാപങ്ങള്‍ തീര്‍ക്കുവാനും ക്ഷത്രിയരുടെ ആത്മാക്കള്‍ക്ക് മോചനം നല്കുവാനുമായി നിളയു‌ടെ തീരത്ത് ബലിതര്‍പ്പണം നടത്തി. അതിന്റെ ഫലമായി അദ്ദേഹത്തിന്റെ പാപങ്ങള്‍ ഇല്ലാതാവുകയും അരിച്ച ആത്മാക്കള്‍ക്ക് ശാന്തി ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു. അതിനു ശേഷമാണ് ഇവിടം ഈ രീതിയില്‍ അറിയപ്പെടുവാന്‍ തുടങ്ങിയത്.